Pada mulanya, Yayasan Warisan dan Budaya Banda (YWBB) mendirikan Sekolah Tinggi Perikanan Hatta-Sjahrir dengan menyelenggarakan 2 (dua) Program Studi (PS), yaitu PS Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP) dan PS Budidaya Perairan (BDP) yang disahkan pada tahun 2001 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 82/D/O/2001 tertanggal 10 Juli 2001 yang bertujuan menghasilkan lulusan yang mampu melakukan pengelolaan sumberdaya perikanan di Wilayah Kepulauan Banda dan meningkatkan tingkat pendidikan masyarakat yang sulit melanjutkan kuliah ke luar Banda karena kondisi keamanan dan keterbatasan ekonominya. Seiring dengan adanya tuntutan kebutuhan masyarakat yang terus meningkat maka pada tahun 2007, YWBB kembali membuka STKIP Hatta-Sjahrir untuk memenuhi kebutuhan guru yang berkualifikasi sarjana di Kecamatan Banda dan baru diakui pada tahun 2009 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 20/D/O/2009 tertanggal 06 Maret 2009. STKIP Hatta-Sjahrir menyelenggarakan 3 (tiga) PS, yaitu PS Pendidikan Bahasa Indonesia (PBI), PS Pendidikan Sejarah (PSJ), dan PS Pendidikan Matematika (PMT).
Pada awal tahun 2021, seluruh sivitas akademika dari kedua sekolah tinggi bersama pengurus yayasan berkomitmen untuk melakukan perubahan bentuk menjadi Universitas sesuai amanat Permendikbud Nomor 7 Tahun 2020. Akhirnya pada pertengahan tahun 2022, Sekolah Tinggi Perikanan Hatta Sjahrir dan STKIP Hatta Sjahrir dapat dilakukan penggabungan yang dibarengi dengan penambahan Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan sebagai program studi STEM (Science, Technology, Engeneering and Mathematic) untuk memenuhi syarat minimal pembentukan Universitas Banda Naira yang disahkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor 502/O/E/2022 pada tanggal 13 Juli 2022.
Pada awal terbentuknya Universitas Banda Naira memiliki struktur yang terdiri atas Rektor, Wakil Rektor Bidang Akademik dan Wakil Rektor Bidang Umum, Keuangan dan Kepegawaian sesuai dengan Surat Keputusan Ketua Umum YWBB Nomor 020/YWBB/SK/VIII/2022 dan Nomor 021/YWBB/SK/VIII/2022 pada tanggal 23 Agustus 2022. Setingkat di bawah Wakil Rektor dibentuk lembaga-lembaga yang terdiri atas Lembaga Kemahasiswaan, Kerjasama dan Alumni; Lembaga Komunikasi dan Informasi; Lembaga Penjamin Mutu; Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat; Pusat Ekonomi dan Bisnis; Pusat Studi Gender dan Pencegahan Kekerasan Seksual; dan Biro Administrasi sesuai Surat Keputusan Rektor Nomor 001.c/UBN/SK/VIII/2022 pada tanggal 29 Agustus 2022. Seiring dengan perkembangan kebutuhan struktural dan beban kerja yang semakin meningkat dan kompleks maka pada awal tahun 2024, Rektor mengusulkan kepada Pengurus YWBB untuk meningkatkan status Kepala Lembaga Kemahasiswaan, Kerjasama dan Alumni menjadi Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan, Kerjasama dan Alumni sesuai Surat Keputusan Ketua Umum YWBB Nomor …/YWBB/SK/II/2024 pada tanggal … Februari 2024.